Khi điều trị đúng cách, người bị sốt rét thường có thể được trông đợi là hồi phục hoàn toàn.[20] Tuy nhiên, bệnh sốt rét nặng có thể tiến triển cực kỳ nhanh và gây chết chỉ trong vòng vài giờ hoặc vài ngày.[21] Đối với hầu hết các ca bệnh nặng, tỉ lệ tử vong có thể lên đến 20%, thậm chí phải chăm sóc và điều trị đặc biệt.[8] Thời gian càng lâu, sự suy yếu phát triển đã được ghi nhận ở trẻ em khi phải chịu đực những cơn sốt rét nặng.[22] Nhiễm trùng mãn tính không nghiêm trọng có thể xuất hiện hội chứng suy giảm miễn dịch đi kèm với phản ứng suy giảm đối với vi khuẩn Salmonella và Epstein–Barr virus.[23]

Ở trẻ nhỏ, bệnh sốt rét gây chứng mất máu trong thời kỳ phát triển não nhanh chóng, và cũng gây tổn thương não trực tiếp từ sốt rét thể não.[22] Những người sống sót do sốt rét não có nguy cơ gia tăng suy giãm thần kinh và nhận thức, rối loạn hành vi, và động kinh.[24] Sốt rét dự phòng đã thể hiện sự cải thiện chức năng nhận thức và kết quả học tập trong các thử nghiệm lâm sàng khi so sánh với các nhóm placebo.[22]